Phần chất thải không phân hủy kị khí cần được tháo rút khỏi bể tự hoại. Nếu không chúng sẽ làm đầy bể tự hoại và khi đó làm cho phần nước thải chứa các chất chưa bị phân hủy bị chảy tràn ra hầm rút và xả ra môi trường. Điều này không những làm cho ô nhiễm môi trường mà còn làm ách tắt hệ thống ống xả và bịt kín các lỗ rỗng trong hầm rút giảm hiệu suất tháo khô.

Lượng bùn lắng trong bể tự hoại sẽ được bơm vào một xe tải chuyên dụng. Lượng bùn lắng đọng phụ thuộc vào lượng chất thải đầu vào, đặc điểm của chất thải đầu vào cũng như nhiệt độ trong bể tự hoại (sự phân hủy kị khí thường hiệu quả khi môi trường có nhiệt độ cao). Một vài bể tự hoại phải tháo cặn thải vài năm một lần, số khác có thể lâu hơn khoảng 10-20 năm. Các hệ thống cũ với nhiều người sử dụng cần bơm cặn thải nhiều hơn hệ thống mới.